شناسایی و ردیابی اختصاصی ‌Phytopthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز

نویسندگان

  • رضا موستوفی زاده قلمفرسا نویسنده
  • ضیاء بنی هاشمی مسئول مکاتبه
چکیده مقاله:

گونه‌های Phytophthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی خویشاوندند و از نظر ریخت‌شناختی به یک‌دیگر شباهت دارند. برای تمایز این آرایه‌ها از یک‌دیگر و از سایر گونه‌هایی که صفات ریخت‌شناختی همگرا دارند، شیوه‌ای بر اساس واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه‌ای از جدایه‌ها مربوط به میزبان‌های مختلف، که نماینده‌ی تنوع موجود در ژن‌های هسته‌ای و میتوکندریایی این گونه‌ها بودند، بررسی شد. بر اساس توالی‌ فواصل ترانویسی شده‌ی داخلی (آی‌تی‌اِس) و زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی، شش عدد آغازگرِ واکنش زنجیره‌ای پلیمراز اختصاصی برای P. drechsleriو همچنین بر اساس زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی سه عدد آغازگر اختصاصی برای P. cryptogea و P. erythrosepticaطراحی  و واسنجی شد. واکاوی‌ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه‌های P. drechsleriمجموعه‌ی ITS-DF2 و ITS-DR2 بود که محصولی 567 جفت بازی را فزون‌سازی می‌کرد. استفاده از آغازگرهای COX-CF1 و COX-CR2 بهترین مجموعه برای تمایز P. cryptogea/P. erythroseptica از سایر گونه‌ها بود و موجب فزون‌سازی قطعه‌ای 415 جفت‌بازی شد. واکاوی نقشه‌ی آنزیم‌های برشی این دو گونه نشان داد که جایگاه آنزیم برشی غیرپالیندرومی Mnl I در فزونه‌ی جدایه‌های P. erythroseptica منحصر به فرد است و از آن می‌توان برای تمایز این گونه از P. cryptogea استفاده کرد. نتایج این مطالعه نشان داد که استفاده از واکنش زنجیره‌ای تودرتو برای ردیابی این گونه‌ها حداقل 100 برابر حساس‌تر از روش سنتی است.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

شناسایی و ردیابی اختصاصی phytopthora drechsleri، p. cryptogea و p. erythroseptica با واکنش زنجیره ای پلیمراز

گونه های phytophthora drechsleri، p. cryptogea و p. erythroseptica بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی خویشاوندند و از نظر ریخت شناختی به یک دیگر شباهت دارند. برای تمایز این آرایه ها از یک دیگر و از سایر گونه هایی که صفات ریخت شناختی همگرا دارند، شیوه ای بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه ای از جدایه ها مربوط به میزبان های مختلف، که نماینده ی تنوع موجود در ژن های هست...

متن کامل

ردیابی اختصاصی Phytopthora inundata از طریق واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو

گونة  Phytophthora inundataبه تازگی توصیف شده و به علت خصوصیات ریخت‌شناختی و حداکثر دمای رشد غیرعادی، شناسایی آن دشوار است. این گونه با سایر گونه‌های بیمارگر گیاهی جنس Phytophthoraکه بدون پاپیل و گرماپسند هستند، اشتباه می‌شود. در این بررسی برای شناسایی P. inundataشیوه‌ای براساس واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه‌ای از جدایه‌ها مربوط به م...

متن کامل

تنوع ژنتیکی درون‌گونه‌ای Phytophthora cryptogea و P. drechsleri *

گونه‌های Phytophthora drechsleri و P. cryptogea بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی با قرابت فیلوژنتیکی نزدیک هستند. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان این گونه‌ها، جدایه‌هایی از P. drechsleri و P. cryptogea مربوط به میزبان‌های متفاوت و از مناطق مختلف جهان به همراه جدایه‌هایی از آرایه خویشاوند آنها، P. erythroseptica، از طریق روش  میکروستلایت‌های فزو...

متن کامل

ردیابی اختصاصی phytopthora inundata از طریق واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده و تودرتو

گونة  phytophthora inundataبه تازگی توصیف شده و به علت خصوصیات ریخت­شناختی و حداکثر دمای رشد غیرعادی، شناسایی آن دشوار است. این گونه با سایر گونه­های بیمارگر گیاهی جنس phytophthoraکه بدون پاپیل و گرماپسند هستند، اشتباه می­شود. در این بررسی برای شناسایی p. inundataشیوه­ای براساس واکنش زنجیره­ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه­ای از جدایه­ها مربوط به میزبان­های مختلف که نمایندة ...

متن کامل

تنوع ژنتیکی درون گونه ای phytophthora cryptogea و p. drechsleri *

گونه­های phytophthora drechsleri و p. cryptogea بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی با قرابت فیلوژنتیکی نزدیک هستند. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان این گونه­ها، جدایه­هایی از p. drechsleri و p. cryptogea مربوط به میزبان­های متفاوت و از مناطق مختلف جهان به همراه جدایه­هایی از آرایه خویشاوند آنها، p. erythroseptica، از طریق روش  میکروستلایت های فزون­سازی شده تصادفی (rams) مطالعه شدند. این بررسی به کمک...

متن کامل

Phylogenetic history of Phytophthora cryptogea and P. drechsleri isolates from floriculture crops in North Carolina greenhouses.

The evolutionary history of Phytophthora cryptogea and P. drechsleri isolates previously collected from floriculture crops in North Carolina commercial greenhouses was explored with coalescent- and parsimony-based analyses. Initially, 68 isolates representing 13 location-host groups were sequenced at multiple loci. Sequences of all isolates within a group were identical. A subset of isolates we...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 51  شماره 4

صفحات  541- 553

تاریخ انتشار 2016-04-01

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023